Za početak organizovanog javnog zdravstvenog rada u Subotici smatra se osnivanje bakteriološke laboratorije (III sprat Gradske kuće) i formiranje Centralnog dezinfekcionog Instituta krajem 1912. godine, na čemu je gradski fizikus J. Ginter, koji se naročito bavio epidemiologijom i  statistikom zaraznih bolesti, već krajem 19. veka insistirao.
Tako je Subotica postala jedan od retkih provincijskih gradova tadašnje Austrougarske države koja je u to vreme imala službe koje su temelji današnjeg Zavoda za javno zdravlje.
Posle I Svetskog rata, a u sklopu nastojanja dr Andrije Štampara (načelnika pri Ministarstvu socijalne politike i narodnog zdravlja Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca) da se u državi podignu Zavodi za preventivnu zaštitu zdravlja naroda, u Subotici nastavljaju sa radom već osnovane laboratorije i Zavod za dezinfekciju.
Od 1945. godine ove laboratorije (bakteriloško–hemijske) nastavljaju rad kao Sanitarno-epidemiološka stanica smeštena još uvek na III spratu Gradske kuće. Njom rukovodi dr Š. Štajnfeld, a zatim dr A. Liht. U to vreme već govorimo o razvoju epidemiološke i higijenske službe, zdravstvene statistike, dok se u laboratorijama vrši ispitivanje humanog materijala, analiza namirnica i vode za piće.
Pravilnikom Narodne Republike Srbije iz 1957. godine reguliše se osnivanje i organizacija Higijenskih zavoda, pa rešenjem iz 1958. godine Sanitarno–epidemiološka stanica postaje Higijenski zavod smešten na III spratu Gradske kuće s dr Lihtom kao rukovodiocem.
Zavod je preselio u nove, prostrane i funkcionalne prostorije novoizgrađenog objekta i dobio naziv Zavod za zdravstvenu zaštitu 1962. godine.
Od 1990. godine Zavod je nakon raspada SOUR-a MC ponovo samostalna radna organizacija koja se od 1992. godine naziva Zavod za zaštitu zdravlja. Zavodom tada rukovodi dr Bogoljub Zelen i u Zavodu su još jednom renovirane radne prostorije i proširen radni prostor dogradnjom dva sprata desnog krila zgrade.
U zadnje vreme pratimo niz promena u sistemu zdravstvene zaštite nastale usvajanjem novog Zakona o zdravstvenoj zaštiti (2005. godina) i niza pratećih podzakonskih akata. Zavod za zaštitu zdravlja Subotica je registrovan kao Zavod za javno zdravlje Subotica 13.07.2007. godine, što nije samo puka promena imena. Izmenjena je unutrašnja organizacija pa se sad delatnost Zavoda obavlja u šest organizacionih celina: Centar za promociju zdravlja; Centar za analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite i informatiku i biostatistiku u zdravstvu; Centar za prevenciju i kontrolu bolesti; Centar za higijenu i humanu ekologiju; Centar za mikrobiologiju; Služba za pravne, ekonomsko-finansijske, tehničke i druge slične poslove.
Kroz ove organizacione jedinice sve ranije navedene aktivnosti: higijensko-promotivni, preventivni, socijalno-medicinski, statistički, epidemiološki i laboratorijski rad, čiji su temelji postavljeni pre 96 godina, razvijamo i dalje sa primenom modernih stavova i postulata ovih grana medicinske nauke.
Problemi narodnog zdravlja tehnološkim napretkom i napredovanjem nauke više nisu isti, npr. trahom više nije vodeće oboljenje, trbušni tifus i kolera godinama se ne pominju među zaraznim bolestima Okruga, pa su aktivnosti Zavoda usmerene na prevenciju modernih bolesti (da pomenemo npr. samo HIV infekciju). Zavod se bavi promocijom zdravih stilova života, mobilizacijom zajednice i savetovališnim radom. Zatim, skrećemo pažnju na trajno opredeljenje Zavoda za javno zdravlje Subotica na očuvanju resursa životne sredine, te na mogućnosti naših laboratorija za pružanje raznih dijagnostičkih usluga kako prema pacijentu usmerenih, tako i na ispitivanja koja se tiču vode za piće, namirnica i resursa životne sredine (vazduha, zemljišta, buke, površinskih i otpadnih voda).
Zavod za javno zdravlje Subotica je svoj rad uskladio sa zahtevima međunarodnog standarda ISO serije 9000 što je potvrdila Austrijska sertifikaciona kuća od maja 1997. godine. Već sledeće godine – 1998. godine laboratorije Zavoda su akreditovale ispitivanja životnih namirnica, a u narednom periodu obim akreditacije se stalno proširuje, što potvrđuje sertifikat o akreditaciji izdat od Akreditacionog tela Srbije.