Preteče današnjeg Zavoda za javno zdravlje Subotica predstavljaju sledeće dve organizacija: Bakteriološko hemijska laboratorija, osnovana novembra 1912. godine i Centar za dezinfekciju grada Subotice.
Posle Prvog svetskog rata u Subotici je 1921. godine osnovan, odnosno nastavio sa radom Bakteriološko - hemijski laboratorijum kao i Zavod za dezinfekciju. Bakteriološko - hemijska laboratorija dobija iste godine naziv Državna bakteriološka stanica.
Tokom 1945. godine osnovana je u Subotici Sanitarno-epidemiološka stanica (zapravo to je nastavak Bakteriološko - hemijske laboratorije) sa ciljem da se organizuje rad u borbi sprečavanja i suzbijanja zaraznih bolesti, što su posledica ratnih vremena, da se vrši zdravstveni nadzor stanovništva kao i delatnosti dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije, u svim slučajevima gde za to postoji potreba.
Pravilnikom NR Srbije iz 1957. godine reguliše se osnivanje, organizacija i rad Higijenskih zavoda. Tako i Sanitarno - epidemiološka stanica u Subotici dobija naziv "Higijenski Zavod" decembra 1958. godine (rešenje Narodnog odbora Subotice broj 909-22054/58).
   Zbog  povećanog obima rada podiže se posebna zgrada i Zavod se  preseljava 1962.  godine u prostrane i funkcionalne prostorije  novoizgrađenog objekta, gde se i  danas nalazi. Iste godine Zavod dobija  novi naziv - Zavod za zdravstvenu  zaštitu.
   Integracijom zdravstvenih radnih  organizacija u Subotici, formira se  1974. godine  Medicinski centar u okviru kojeg se nalazi i  Zavod za  zdravstvenu zaštitu.
   Od  1990. godine Zavod je samostalna radna organizacija. Sredinom 1992. godine  dobija naziv: 
Pri svim prikazanim fazama evolucije razvoja ove organizacije, posebno se vodi briga o pouzdanosti dobijenih rezultata ispitivanja, na osnovu kojih se ističu informacije od velikog značaja za očuvanje i unapređenje zdravlja stanovništva.
   Sistem menadžmenta kvalitetom u ZJZS je sertifikovan  od strane ÖQS  (Austrian Association for the Certification of Quality Systems) pod  brojem  01039/0. 
Sistem menadžmenta kvalitetom je prolazio kroz sledeće faze:
Laboratorijska ispitivanja su akreditovana od strane  ATS  (Akreditaciono telo Srbije) pod    brojem  01-054, oblast laboratorijskih ispitivanja navedeno u obimu  akreditovanja i pod brojem 03-012, oblast mikrobioloških ispitivanja  humanih kliničkih uzoraka. 
Zavod za javno zdravlje Subotica je uspostavio, dokumentuje, primenjuje i održava sistem menadžmenta kvalitetom i kompetentnost stalnim poboljšavanjem efektivnost u skladu sa zahtevima implementiranih standarda (ISO 9001:2008, SRPS ISO/IEC 17025:2006 i ISO 15189:2014).
Ponedeljak - petak 07-15 časova
                    Prijem uzoraka: ponedeljak-petak 7-9:30h
PCR testiranje na lični zahtev: ponedeljak-petak 10-12h